Ferskvandscentret blev stiftet som selvejende institution i 1987 og har til huse i det store og smukke bygningskompleks Vejlsøhus, der blev opført i 1903 som tuberkulosesanatorium. Ferskvandscentret har udviklet sig til at være det nationale center vedrørende miljøforhold med fokus på vandområdet.
Denne fremtrædende position er opnået gennem samling af forskningsinitiativer, udvikling af erhvervsaktiviteter samt vidensformidling inden for vandmiljøområdet. Gudenåen, Silkeborgsøerne og de store skove i Søhøjlandet sætter scenen for Ferskvandscentret, Vejlsøhus Hotel & Konferencecenter samt AQUA Akvarium & Dyrepark. Her i disse unikke omgivelser driver Ferskvandscentret også en stor ErhvervsPark med mere end 70 virksomheder samt Danmarks største udbyder af kurser inden for vandmiljø.