Ferskvandscentrets forretningsområder udgøres af to hoteller og konferencecentre – Vejlsøhus og Gl. Skovridergaard – en erhvervspark med 80 erhvervslejemål samt en kursusafdeling. Ferskvandscentret ligger side om side med AQUA Akvarium & Dyrepark.
De to selvejende institutioner Ferskvandscentret og AQUA Akvarium & Dyrepark fungerer i praksis som én organisatorisk enhed.
Bestyrelse og direktion er sammenfaldende i de to selvejende institutioner.
Hans Kongelige Højhed Prins Joachim er protektor for Ferskvandscentret og AQUA Akvarium & Dyrepark. Prins Joachim har ved flere lejligheder besøgt centret, senest i forbindelse med AQUA Akvarium & Dyreparks 25 års jubilæum i juni 2018, hvor H.K.H. indviede parkens grævlingeanlæg.
Ferskvandscentret og AQUA Akvarium & Dyrepark har hver sin bestyrelse, som personmæssigt er identisk. Bestyrelsen består af følgende medlemmer:
Formand
Direktør, Frank Borch A/S
Silkeborg Byråd
Region Midtjylland
Adm. direktør, Dansk Kyst- og Naturturisme
Næstformand
Ejer, Kingo Karlsen A/S
Silkeborg Byråd
Regionsdirektør, Nordea
Silkeborg Byråd
PhD, Professor, Aarhus Universitet