Endelig ville man sikre sig et forskermiljø i området med udgangspunkt i den forskning inden for (vand)miljøområdet, der på daværende tidspunkt var etableret i Silkeborg. Det skete ved, at der i 1990 blev placeret en afdeling af det nyoprettede Danmarks Miljø Undersøgelser (DMU) – i dag en del af Aarhus Universitet, Bio Science – i området, og i 1994 da Danmarks Fiskeri Undersøgelsers (DFU) lokale afdeling flyttede fra Lysbro ind i lejede lokaler på centret – i dag DTU AQUA.
Ferskvandscentret fik hurtigt etableret kursuslokaler i den gamle overlægebolig og afholdte de første vandmiljøkurser i 1988. Kursusområdet blev i sin tid overgivet fra det daværende Ferskvandslaboratorium (DMU) i Silkeborg.
Hovedbygningen blev efter en gennemgribende renovering indviet af Hans kongelige Højhed Prins Joakim, som protektor for stedet, i september 1991. Bygningen blev indrettet til et moderne hotel og konferencecenter med fælles reception, restaurant, fælles møderum, hotelværelser og kantinefaciliteter til brug lejere og ansatte på centret samt med kontorlokaler til udlejning til erhvervsparken. De øvrige bygninger i området er senere blevet istandsat og indrettet til bl.a. kontorlokaler til udlejning til primært små og mellemstore virksomheder.
I efteråret 1993 stod det klart, at selskabets, og dermed centrets egenkapital, var opbrugt, hvorfor centrets bestyrelse og Silkeborg Byråd indgik forhandlinger om en mulig økonomisk rekonstruktion og videreførelse af centrets aktiviteter. Silkeborg Kommune ydede underskudsgaranti (1993 og 1994) mens forhandlingerne foregik.
I 2006 og 2007 blev der opført nye bygninger til erhvervslejemål og med moderne hotelværelser på øverste etage.
Takket være et godt samarbejde mellem offentlige og private aktører, virksomheder, myndigheder, sponsorer og frivillige er det lykkes at skabe et center i konstant udvikling med fokus på forskning, formidling, erhvervsaktiviteter og oplevelser.
Syn for Sogn 2018 – Fra museumsidé til Ferskvandscenter.
Folkesanatoriet ved Silkeborg.